Важными концептуальными аспектами трансформаций, производимых в бизнес-системах, является определение эффективных инструментов исполнения ключевых функций управления: анализа состояния организаций и внешней среды, согласования и достижения целей, информационного обеспечения принимаемых решений. Авторы полагают, что в качестве продуктивных инструментов анализа следует рассматривать алгоритмы, методики и модели системной методологии, предоставляющей наиболее адекватные трансформационным процессам средства исследования и решения практических задач. С одной стороны, все части и элементы объекта исследования при его системном рассмотрении взаимосвязаны. И любое изменение в подсистемах, в поведении отдельных элементов порождает цепную реакцию последствий, анализ которой составляет ядро системной методологии, описывающей различные средства и приемы анализа структурных взаимодействий: определение целей, ранжирование факторов влияния, расчет критериев, методы сравнения, сопоставления и анализа альтернативных решений. С другой стороны, именно в ракурсе системной методологии анализ изменений рассматривается как фундаментальная проблема распознавания отличий, условий, управляющих целостностью, преемственностью или преобразованием структур, их воспроизводством. Подчеркнем, что в рамках системной методологии существует множество направлений, разрабатывающих инструменты и методы решения проблем в реальных управленческих ситуациях, таких как: организационная кибернетика, системный анализ, системный инжиниринг, исследование операций, проектирование социальных систем и др.